標本干擾因素包括內源性干擾因素和外源性干擾因素，前者包括類風濕因子、補體、異嗜性抗體、自身抗體、等，后者包括標本溶血、標本被細菌污染、標本貯存時間過長、標本凝固不全、冷凍標本的反復凍融等。其中外源性干擾因素是我們在檢測過程中可以避免也是必須避免的因素，而避免內源性因素的干擾則主要通過選擇合適的試劑盒。在臨床中遇到少見的疑難病例時應當考慮到內源性干擾因素的存在。以下對外源性干擾因素進行簡要說明：
1.標本溶血 要注意避免出現嚴重溶血。血紅蛋白中含有血紅素基團，其具有類過氧化物的活性，因此，在以辣根過氧化物酶（horseradish peroxidase,HRP）為標記酶的ELISA測定中，如果血清標本中血紅蛋白濃度較高，則其就很容易在溫育過程中吸附于固相，ELISA試劑盒從而與后面加入的底物反應顯色。

2.標本凝固不全 血液通常在采集后半小時后開始凝固，18～24h*凝固。如果在血液未凝固時即離心分離血清，則可因纖維蛋白原非特異吸附于微孔而造成假陽性結果。為了縮短標本處理時間，可以在離心前將血液標本置于溫箱中溫育或者采用帶分離膠的或于中加入適當的促凝劑以加速血清的分離。
3.標本被細菌污染 標本的采集及血清分離要注意盡量避免細菌污染。細菌菌體中除可能含有內源酶對測定產生非特異性干擾外，還可能對抗原抗體等蛋白產生分解作用。另外標本在保存中出現渾濁或絮狀物時，應離心沉淀后取上清檢測。
4.標本貯存時間過長 標本在低溫下保存時間過長，ELISA試劑盒IgG可聚合成多聚體，在間接法ELISA測定中會導致本底加深、甚至出現假陽性結果。通常情況下血清標本可在2～8℃下保存l周，冷凍保存時間會更長，但對于抗體或抗原含量低的標本而言，則可能會因抗體掉價、抗原分解而出現假陰性結果。

5.冷凍保存標本避免反復凍融ELISA試劑盒 標本的反復凍融會因其所產生的機械剪切力對標本中的蛋白等分子產生破壞作用，使抗體效價跌落從而引起假陰性結果，所以測抗體的血清標本如需保存作多次檢測，宜少量分裝凍存。此外，標本在凍存時會因蛋白質局部濃縮，分布不均，因此重新融解的標本必須混勻，但不要進行劇烈振蕩，反復顛倒即可。